フルマラソン、ハーフマラソン共朝６時にエプコット駐車場脇の高速道路上をスタート地点としてスタートします。ハーフマラソンは２００６年からはスタート地点が２００５年迄のものと比べ１マイル程前方に移動し、フルマラソンのスタートラインとは違うようになりました。。スタート前はけたたましくロックミュージックが演奏されその後アメリカ国歌を斉唱しミッキーとミニーのカウントダウンの後花火の合図と共にマラソンがスタートします。フルマラソン、ハーフマラソン共ミッキー、ミニー、グーフィー、ドナルドとデイジーがそれぞれスタート地点のお立ち台でランナーを見送ります。ハーフマラソンは全ての参加者が同じスタートラインを使用しますが、フルマラソンのスタート地点は高速の上り線と下り線の2ヶ所を使いスタートします。最初の４マイル程は別々のルートを走りエプコットを出た辺りで合流します。２００５年迄はハーフマラソンはエプコットをスタートしマジックキングダムパークを抜けマジックキングダムパークの駐車場がゴールでしたが、２００６年からはコースが変更になりフルマラソンと同じエプコットのゴールを使うようになりました。
　マイル表示は１マイルごとで２００６年迄はそれぞれディズニーのキャラクターの絵が描かれていましたが、２００７年からメインスポンサーが変わると同時に芸術をモチーフにしたデザインに変更されました。給水はほぼ１マイルおきにありスポーツドリンクとミネラルウォーターが配給されます。給水地点附近には簡易トイレがあります。パーク内はランナー専用道路をパイロンとロープで仕切ってありその外側でサポーター等が声援を送ってくれます。

　フルマラソンランナーはマジックキングダムパークを抜けると林の中の道をひたすら３番目のパークであるアニマルキングダムに向けて走り続けます。途中ディズニーに関するトリビアの問題と答えが書かれたサインボードが数箇所に分かれてあります。その後アニマルキングダムを走り抜けワイド・ワールド・オブ・スポーツに向かいます。この附近の直線道路が一番キツイ場所でもあります。ハーフを過ぎるとチョコレートやオレンジ、バナナ等の飲み物以外の配給ブースもあります。ワイド・ワールド・オブ・スポーツの入口附近でUターンし４番目のパークのハリウッドスタジオに向かいます。MGMスタジオを抜けるとボードウォーク沿いの湖畔の板張りの道を通りエプコットに向かいます。
　エプコットに入るとワールドショーケースを約４分の３周しフューチャーワールドを通り抜けゴールであるエプコットの駐車場に向かいます。ゴールには２００９年は時間帯によっってチップとディール、ステッチやピノキオ、ミッキー、ミニーが出迎えてくれました。。フィニッシュライン手前でDJによる放送でゴールするランナーの名前と都市名、国名を呼んでくれます。ゴール左側には特設観客席も設けられ次々とゴールするランナーに声援を送る事が出来ます。
　ハーフマラソン、フルマラソンともレース完走後直ぐに銀紙製のロゴ入りポンチョを貰い、その後シューズに付けた時間計測用チップをキャストに返却します。ただハーフマラソン完走後グーフィーレース参加者はチップ返却後翌日のフルマラソンスタート時迄に登録の際貰ったフルマラソン用の２つ目のチップをシューズの紐に付けなければなりません。ハーフマラソンはドナルド型完走メダルそしてフルマラソンはミッキー型完走メダルを首にかけて貰い記念写真を撮ります。グーフィーレース参加者はハーフマラソン終了後グーフィーレーステント内で翌日のフルマラソン参加への所定の手続きをして下さい。グーフィーレース参加者でフルマラソン完走後はグーフィーテント入口でグーフィーレース用リストバンドをキャストに外してもらいテント内でグーフィーメダルを首にかけてもらって下さい。その先にはランナー用の飲み物や食べ物の無料サービスブースがあり欲しいだけビニール袋に入れることが出来ます。そしてこのブースを抜けるとスタート時に着替えなどを預けた荷物一時預かりブースを通り外部に出ることになりその後一般の人々と会うことが出来る様になります。