合衆国陸軍のヴァージル（ベルギリウス）＝デュレイ大佐はRikti戦争にあたって地球のため戦った勇敢な軍人の一人だった。

彼らは恐るべき科学力を持つ異世界からの侵略者Riktiの最初の攻撃の的となった。Riktiの侵略プランは非常に計画的なものであり、最初の一時間で 全世界の軍隊は実に全戦力の３分の１以上を失ったのだった。
彼の合衆国陸軍もその例外ではなかった。かろうじて生き残った部隊は、勇敢にも侵略軍と戦いに臨んだが、圧倒的な科学力の差によって、敵の５倍以上の兵力を損失し、壊滅的な打撃を受けたのだった。

そんな中Paragon Cityを、そして世界を救ったのはよく知られているように、軍隊ではなく、スーパーヒーロー達の活躍によるものだったのだ。

スーパーヒーロー達の活躍でRikti戦争は人類の勝利に終わった。そして役立たずだった軍隊に代わってその賞賛のすべては英雄的なヒーロー達に与えられたのだった。
一方同じく地球の為戦い、多くの戦友達を失った彼ら軍人には、ヒーローほどの名誉は与えられることはなかった。

このことは多くの部下を戦争で失ったデュレイ大佐に抜きがたい屈辱を与えることになった。一方戦後の経済的な貧困は復員した多くの元軍人達を苦しめていた。
大佐はやがてこれらはすべて彼らの名誉を奪ったヒーローと、地球防衛の責を軍人からヒーローに委ねた政府のせいだと思いこむようになったのだ。

大佐は遂に行動に転じた。名誉と経済力とを失った彼ら、元軍人達を集め、組織と規律を守ったまま略奪行為に転じたのだ。この元軍人による略奪団こそがスカイ・ライダースなのである。
そして今や彼らの憎悪は軍人から名誉を奪ったヒーロー達と、政府、なかんずくParagon Cityに向けられているのだ。

しかし疑問も残る。彼ら元軍人達は、そのパワーとハイテク装備をどのように得たのだろうか？
多くのミッションを通じて、やがてヒーロー達は彼らを操る真の敵の正体に迫っていくことだろう。