"飛鳥井仁"、彼は"人の心の欠落したもの"が見えてしまう という能力があった。時として残酷でもある能力が.... 彼は"イマジネーター"と出会った事によって自らの力を使って"人の心の欠落" を埋めて全ての人々に平穏を与える為に動きだす。

妙な経緯から"谷口正樹"は"織機綺"という不思議な少女と知り合う。
彼女は"統和機構"という巨大な組織に属していた。
同じ組織に属する"スプーキーE"に責められている綺を見た正樹は、 止めようとして返り討ちにあってしまう。気が付いた正樹に綺は.... 正樹を守る為にも...正樹にブギーポップの真似事をしてくれないかと頼むのだった。

飛鳥井仁を慕う"衣川琴絵"は最近変わってしまった彼を不審に思い、"末間和子 "に相談する。好奇心と責任感で仕方なく和子は引き受けてしまう、そして 飛鳥井の妙な行動を見てしまう.....

"安能慎二朗"が始めて谷口正樹を見た時の感情、それは何だったのかは正確にはわからない。 それが、"一目惚れ"だと気付くのには、彼は普通だったし、時間が掛かりすぎ遠回りしすぎてしまった。
心とは裏腹な行動を正樹に対して取ってしまう彼は、スプーキーEの介入も あったのだが、結局は最後まで"そのまま"で先には進めないで終わってしまう。

学園に進学した織機綺は屋上で末間和子と出会う。初めて他人に自らを語った 織機は、和子の言葉にある決意の様なものが浮かぶのだった。

一年前の事だった、"水乃星透子"を追い詰めるブギーポップ。 彼女は屋上から身をさらし、その"肉体"は地面に落ち砕けちった。 だが、その精神はまだ"世界"にとどまっていた。
そう、"イマジネーター"として。

スプーキーEに心を操られてしまった"衣川琴絵"は、街の人間や織機綺を利用 してイマジネーターを捜す。

織機綺は正樹を守る為に敢えて冷たい対応をする。だが一人になっても正樹はブギーポップを演じるのだった。
スプーキーEに操られる"衣川琴絵"達に囲まれてしまう正樹だったが、これを退ける。
操られる琴絵から語られる真実によって織機の悲しみを知った正樹は激昂 の余り、奪った銃口を相手に向ける、だが.....体に電撃がはしる、正樹の義姉"霧間凪"が 彼を止めたのだった。伏兵に囲まれる凪だが容易く倒してしまう。凪の強さ に驚く正樹。

逃げる琴絵の前に...本来なら、彼女が待ち望んだ筈の...飛鳥井が現れる。 本心を語り謝る飛鳥井、それを聞いた彼女は、何故に涙が溢れるのか 理解できないまま意識を失った。
....意識を取り戻した琴絵は病院にいた。決して安らいではいないが 憑き物が落ちたようだ。そこに末間和子が現れ、顛末を見届ける事を決意するのだった。

庇下にあった人間達が制御できない事を知り憤るスプーキーEの前に 飛鳥井仁が現れる。彼に敗れたスプーキーEは自らその命を断つ。

最後の詰め「人々の心に、花の種を蒔く」...その"種" には君の心を犠牲にすると飛鳥井は綺に告げる。綺は想う...正樹さえ無事ならば....

織機を助けにきた正樹だったが力及ばずに倒れてしまう。そこに"本物"のブギーポップが現れる。 迫るブギーポップに、織機綺の"心を摘もう"とする飛鳥井仁、だが... 出来ない、素通りしてしまって彼の手に触れる事が無い。
ブギーポップがいうには"心の中で君を守ってるもの"があるからだという....

末間和子が現場に辿りついた頃には殆どが終わっていた、
彼女はまたしても"闇と直接戦う事"が出きなかったのだった。

なんとか立ち上がろうとする正樹の前に、
おぼろげにだが、少女の像が浮かぶ...."イマジネーター"だった。

｢ここまでね.....｣

｢あなた、たいしたものだわ-----｣

｢私はここまでで、その先はないけれど...
あなたの様に強い人を前にすると、
やはり、いつか...必ず突破できる人がいると確信できるわ--｣

彼女は信じられない程に明るく、希望に満ちた微笑を浮かべ....
消えて行った。

解放された少女が彼の元にかけより、彼が目を覚ますのを待っている。
今迄とは少し違う"幸福"をたずさえた微笑を浮かべて。